バレないことを祈ってるって英語でなんて言うの？

1)は、「彼女/彼に知られないように祈る」のようなニュアンスが強いのに対し、2)は、ただ単に何かをして、それが「見つからないように祈る」という意味になります。

参考になれば幸いです。

Good Luck! で幸運を祈ってます。とい表現です。
また同様に幸運のおまじないとして、人差し指と中指をクロスさせることがよくあり、
I'll cross my fingers for your secret.　であなたの秘密の幸運を願っている＝ばれないように願っているといった表現も可能です。ご参考になさってくださいね。

おっしゃられている内容は、以下のように表現できると思いました(^_^)
I hope he is not going to find out.
「彼が見つけ出さないことを私は望む」

「人にバレる」は、英語では「人が見つけ出す」という形で表現します。

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)