ご質問どうもありがとうございます。
様々な表現があると思いますが、いくつか自然な表現を紹介します。
・ So what you mean is basically ... that there is not enough time to finish our project?
・You said "There might be a time issue here". So this means... "we might not able to finish the project in time"?
・ You said "There might be a time issue here". So do you mean to say... (that) "there is not enough time here"?
--- Do you mean to say = 「~というつもりですか?」または「~といっているんでしょうか?」
お好みに合わせて使い分けてみてください。
ご参考にしていただければ幸いです。