Nozomiさんご質問どうもありがとうございました。
下記の言い方ではいかがでしょうか。
「train station」を言うったら電車の駅になりますので誤解はないはずですが、ちゃんと地下鉄じゃないを確認したい場合は「subway station」を言えます。
「Where is the station?」や「Where can I ride the train?」を聞かれたら、「You're looking for the train station, correct? Not the subway station?」を言えます。
ご参考にしていただければ幸いです。
「普通の駅、普通の電車(地下鉄ではない)がいいですか？」と聞く場合は、
"Are you taking a regular JR train?"
という表現を使うことも出来ます。
また、
付加疑問文を使って、「～ですよね？」と確認することも出来ます。
"You're taking a regular JR train, aren't you?"
「普通のJRの電車に乗りますよね？」
"You're not taking a subway, are you?"
「地下鉄には乗らないですよね？」
ご参考になれば幸いです。
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