You don't understand how deeply she holds a grudge against him
You have no idea how deeply she holds a grudge against him
自然な表現になっていて良いと思います。
細かく言えば bear a grudge は強めな表現ですが
普段使われる hold a grudge の方が良く使われてるぐらいでしょうか。
この場合の理解していないは 理解以前に想像すら出来てないと言った感じで
You have no idea って表現がおすすめです。