Sometimes it takes time for me to understand what you say by translating it into Japanese.
「分からないと判断されて」しまうのが問題なので、まず
Sometimes it takes time for me to understand what you say
ということを説明しましょう。
take time to 〜(〜するのに時間がかかる) という表現です。
そして、その事情は
by translating it into Japanese
ということですね。
(「頭の中で」は状況からわかるので言わないほうが自然です)。