こうやってスクロールさせるから目が痛くなるんだよねって英語でなんて言うの？

Webページのスクロールで目が痛くなると言う解釈で間違い無いでしょうか。

サイトのデザインが悪く、頻繁なスクロールが必要なら「it makes you scroll」と言えます。

したがって、「This is why my eyes hurt; because it makes you scroll」を提案しました。

「；」マークですが、これは使いこなしがちょっと難しいです。
文の流れが急に切り替わる時に使います。
流れは切り替わりますが、トピックスは変わりません。

英文として自然なかたちになるように、数か所若干意味が変わりました。

「目が痛くなる」は、「私の」目(my eyes)が痛くなるという意味になりました。

keepという言葉を入れました。これは「連続して」や「ずっと」という意味です。

訳文は「スクロールさせるから」というよりは「（私が）スクロールするから」という意味の文です。
サイトやアプリが「スクロールさせる」というのを強調したい場合はI have toの代わりにit makes me を入れるといいでしょう(My eyes hurt because it makes me keep scrolling like this).)