cannot (can't) =「できない」を使うことで、「(全員に返信したいところですが、難しいので)一部に返信します」という意味を含ませられるように思います。
I'm sorry but I cannot reply to all messages.
ごめんなさい。でも全てのメッセージに返信はできません。
I'm sorry but I cannot write back all the time.
ごめんなさい。でもいつもお返事できるわけではありません。
reply は正確には「返事をする」なので、口で質問に答える、行動で相手に応えるなども入ります。write back はまさに書いて返すことなので、手紙やメールなどに限った表現です。