全部食べたの？全部食べたよ。って英語でなんて言うの？

"eat it all" と "eat them all" の違いは、ご質問者さまのおっしゃるとおり、"them" は食べ物が複数あったときで、"it" は不可算名詞（rice, bread, milkなどの数えられない名詞）もしくは食べ物が単数であったときに使います。
例：Did you eat it all? It was a big piece of cake! 「全部食べたの？大きいケーキだったのに」

ご参考になれば幸いです。

ご質問ありがとうございます。

上記の回答よりもう一つの言い方を提案したいと思います。私の地元（アメリカの北の方）ではeat it allじゃなくてeat all of itの方が自然です。

例話：
A)What happened to all of the chicken wings?「手羽先どうなった？」
B)I ate all of them!（全部食べちゃった！）

ご参考になれば幸いです。

食べ終わってばっかりの場面とかだと、現在完了形を使って、
Have you eaten all of it? とか
Have you eaten all of them?
などの言い方も良くすると思います(^_^)

私の知る限り、アメリカ英語だと過去形が好まれて、イギリス英語だと現在完了形が好まれると思います。
現在完了形の「完了・結果」用法では、アメリカ英語では、よく現在完了の代わりに過去形が用いられることがあります。

でも、どちらの国の人にどちらの表現を言っても伝わるので、基本気にする必要はありません。

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)

★★大阪カフェレッスン英会話講師KOGACHI