回答
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If you compare the U.K.'s land area with Japan's, it's about the same as the Honshu area.
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When comparing the U.K.'s land area with Japan's, the U.K. is about the same as the Honshu area.
ご質問ありがとうございます。
「置き換える」だったら、「replace」は良いですが、英語に訳すと「replace」より「compare」=「比べる」の方が自然だと思います。
一番目の例の「it」は代名詞として「the U.K.'s land area」を指しています。
両方の意味とニュアンスは一緒なのでどっちでも使っても良いと思います。
ご参考になれば幸いです。