あなたが寂しがっていないことを願ってたって英語でなんて言うの？

「I was wishing you hadn't missed me」だと「私がいないことを寂しがってないか/恋しがってないかを願ってた」と言う意訳になりますね。「miss」は寂しがる、恋しがるになります。ただこれをナチュラルな表現にするなら「I was hoping that you weren't lonely without me」の方が適切かと。こちらは「I hope that you weren't lonely」で「寂しくなかった？」や「あなたが寂しがってないことを願ってる」と表現してます。 次の例の「」は「私が居なくて寂しかった？」や「私が恋しかった？」となります。