質問者様の気持ちを伝えるなら「Are you really going to marry me?」か「Are you serious about marrying me?」が良いかと思います。
様々な言い方がありますが、上記の二つはどちらかと言うと、「本気なの?」と言う、そんなに強い言い方ではありません。どちらかと言うと好奇心に近いです。
下記にいくつかの言い方を書き留めて見ました。それに一致する日本語も書き留めましたので、もっともシチュエーションにあった表現を選んでみてください:
「Do you really want to marry me?」 - 本当に私と結婚したいの?
「How serious are you about marrying me? 私と結婚することに対してどんなに本気に思っているの?
「Why do you want to marry me?」 - どうして私と結婚したいの?
Do you really mean it?
「本気で言ってるの?」
会話の流れで言うものですが、日常の様々な場面でも使える便利なフレーズです。
mean 「意味する」「意図する」なので、「意味をわかって言っているのか」=「本気で言っているのか」になります。
Do you really want to marry me?
「本当に私と結婚したいの?」
こちらはちょっと上から目線かもしれませんが、相手がそういう風に言ってくるのであれば、使ってもいいのではないでしょうか。真面目すぎず、こちらも茶化して返しているようにも聞こえますので、相手の意図を探る上でもちょうどいい返しなのではないかなと思います。