The things I don't like about him always seem to stand out.
誰かの「悪いところ」は bad points や the things I don't like about ~ のように言えると思います。
the things I don't like about him だと「彼の嫌なところ」となるので、一概に「悪いところ」とは言えませんが、あなたにとっては「彼の嫌なところ」=「悪いところ」と言えるのではないかなと思います。
1) I always see his bad points.
「いつも彼の悪いところが目につく。」
2) The things I don't like about him always seem to stand out.
「彼の嫌なところはいつも目につく。」
ご参考になれば幸いです!