こんにちは。質問ありがとうございます。
どういうふうに「その時は」を使うかによって、英訳も変わります。
例１
これから面倒を見る子供について「この子はなかなか寝付かないときがあります」と言われて、それの返事として「その時はどうすればいいの？」というとき。
これは、「そのシチュエーションでは」「その場合は」という事を聞いているので、英語ではin that situationと言います。→ What should I do in that situation?
例２
「みんなで美術館へ行ったとき、あなたも一緒だったっけ？」と言われて、「その時は忙しくて行けなかった」などと返事する場合は、at that timeと訳出来ます。 → I was busy at that time.
またの質問をお待ちしております。
基本的には「その時は」は at that time 、同様に then も使われます。
その時は、私は数学を勉強していた。
I was studying math at that time.
I was studying math then.
その時はまだ真実を知らなかった。
I didn't know the truth at that time.
I didn't know the truth then.
ただし、流れにもよると思いますが、今回のように質問したい場合に then を使うと別の意味に取られることもありますので、注意が必要です（強調の仕方の違いで分かったりもするのですが、文字で表すのは難しいです）
What should I do then?
その時はどうすればいいの？ ／ じゃあ、どうすればよかったの？
What were you doing then?
その時、あなたは何してたの？ ／ じゃあ、あなたは何してたの？
個人的には in that case 「その場合には」や when it happens「それが起こった時には」という言い方をオススメします。
What should I do in that case?
そういう場合、私は何をすればいいの？
What should I do when it happens?
それが起こった時、私はどうすればいいの？
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