昨日彼女が日本にいたかどうかを知らない場合です。
昨日彼女が日本にいなかったことが分かっている場合は仮定法過去完了（if she had been in Japan yesterday, she would have called me.)とするのは分かります。ですがこの場合はそれが分かっていない場合なので迷っています。
If she was in Japan yesterday, she definitely would have called me.
If she had been in Japan yesterday, she would have called me.
言い方はあっているので、使いました。
最初の言い方は、昨日彼女が日本にいたら私に電話してきているはずという意味として使いました。
最初の言い方では、If はもしもという意味として使います。definitely はしてきているはずという意味として使いました。
二つ目の言い方は、訳の内容は同じです。
二つ目の言い方では、would have called me は電話してくるはずだったという意味として使いました。
お役に立ちましたか？^_^
アメリカ合衆国 
