「本来は」を英語に直訳すると originally または essentially ですが、「本当ならば〜したかった」「理想的には」と言う意味の "Ideally" を代わりに使うと自然に聞こえます。Ideally は過去にすべきだったことも未来にすべきことについて話す場合も使えます。
例文:
Ideally, we should have planned everything beforehand. 「本来ならば全てまえもって計画していたはずだ。」
Ideally, we should have a plan by Thursday. 「理想的には木曜日までに計画があるはずだ。」
ご参考になれば幸いです。