If you touch your eyes with soap on your hands, it will hurt.
Your eyes will hurt if you touch them with soap on your hands.
If you touch your eyes with soap on your hands, it will hurt. と言います。
(石鹸のついた手で目を触ったら痛くなるよ)
または
Your eyes will hurt if you touch them with soap on your hands.
でも大丈夫です。
また、「痛くなる」じゃなくて「しみる」とかであれば Your eyes will sting と言います。