ズボン反対だよ。なんか違和感感じなかった？って英語でなんて言うの？

反対は the other way round と言います。

違和感は違うと感じるで to feel wrong と言う
表現を使うと良いです。

「一時間もズボンを反対に履いてたよ」
"You've been wearing your trousers the other way round for an hour" など

You are wearing your pants backward. Didn't you notice?
ズボン反対に履いているよ。気づかなかったの？

日本語でパンツは下着を指すことが多いですが、ズボンのことを pants と言います。
backward はまさに反対という意味です。

notice は「気付く」という意味です。直訳にはならないですが、違和感を感じなかったを気付かなかったのかという質問の仕方にしました。
Haven't you noticed? だと「（この長い間）気付いてないの？」という意味になります。今回の場合１時間以上経っているということなので、どちらの場合もありえると思います。

Didn't you notice?
→ どうして今よりも前に気付かなかったのかと指摘している。相手ももう分かってて I didn't!（気付かなかったんだよ！）と返す可能性あり。
Haven't you noticed?
→ 長い間気付いてないことを指摘している。相手が今自覚しているかどうかは特に問題にしておらず、気付いていたからといって hadn't you 〜 ? となることはないです。