What does this river pass and where does it flow to?
「通る」は「through」だけではなく「pass」でも訳せます。
「この川はどこを通ってどこに流れていくの?」
What does this river flow through and where does it go?
「この川はどこまで流れていく?」
Where does this river flow until?
Where does this river end?
ボキャブラリー
流れる to flow, to go (in terms of distance)