上の文にの "close"という言葉は仲が良いや良い関係という意味があります。
"we weren't that close"とは少しキツい言い方です。
"we were never that close"とは上と一緒でも "never"という言葉を使う事でこの文では親しい間柄はなかったことを主張します。
"I didn't think we were that close"とは上の二つの文と比べると優しい言い方です。
"I didnt think"を使う事で文が優しくなります。
おっしゃられている内容は、以下のようにも表現できると思いましたm(__)m
You and I weren't so close. You know that, right?
「きみと僕はそんなに親しくなかった。君だってそのこと分かってたよね？」
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
★★大阪カフェレッスン英会話講師KOGACHI
オーストラリア 
日本 
