I see. You didn't like it.
なるほど。嫌だったのね。
Okay, okay. You didn't want to do it.
はいはい、わかった。やりたくなかったんだね。
it が具体的に何かわからなくても、このような言い方をすることができると思います。
日本語でも「はいはい」「そうかそうか」と2回言うことがあるように、英語でも I see や Okay, All rightなどを2回繰り返すと「やれやれ」という感じを出すことができます。
また、参考までに以下の例も書いておきます。あなたのやるせない気持ちも表現できると思います。そういう時期の子育ては大変ですよね…
I don't know why you're crying but okay.
なんで泣いてるか知らないけど、わかったから。
Okay, you didn't like it. Whatever that is.
そうなのね、よく分からないけど、なんにせよそれが嫌だったのね。