I had not/hadn't left the home yet when he called.
I was still at home when he called.
「彼が電話をしてきたとき私はまだ家を出ていなかった」の言い方はこちらです。
→ I was still at home when he called.
彼が電話をしてきたとき私はまだ家にいた。
→ I hadn’t left the home yet when he called.
彼が電話をしてきたとき私はまだ家を出ていなかった。
質問者の、I had not left home yet when he called me が問題ないと思いますよ。
先生が何に執着しているかわかりませんが、文法や語彙は全てあってます。
でも確かに、英表現の中で、
leave home は「家出をする」の意味でもあるので、「家を出る」を表現したがるとき、home の前に the を置きますが、
質問者の文が when he called me で文脈がわかって、「これは家出じゃない」と判断できるから、このフレーズはネーティブから見ると決して間違ってないと思います。話し言葉で、たまにthe を抜くケースも珍しくないから。
I had not gone home yet when he called me は、「彼が電話してきたとき私はまだ家に帰っていなかった」の意味です。Go home (帰る)と leave the home (家を出る)の違いですね。気をつけましょう。