まず、質問者の知りたがる英訳を紹介します。
例①：It’s merely unnoticeable on the surface, but I think gender discrimination exists everywhere (in Japan).
ただ表面上に見えていないだけで、男女差別は至る所に残っている思う。
→ it を主語にして、あとでgender discriminationに指すことが明らかになります。こういう書き方は読者に期待を与えて、少しおしゃれでインパクトの強めのスタイルです。
例②：Gender discrimination exists everywhere (in Japan)—it’s merely not obvious from the outside.
男女差別は至る所に残っている思う。表面上に見えていないだけ。
→ 並びを変えて、主語の「男女差別」を最初から言うパターンです。句読点の — (em dash) は、コンマの代わりに使って、後ろの文を強調する役割を果たします。
※ unnoticeable や not obvious で、（この深刻な問題が）「気づかれない」の意味を表します。
もう一つの言い方は、
Gender discrimination exists in Japan. It’s just that it’s not obvious from the outside.
→ It’s just that という表現はかなりカジュアルな言い方で、よく話し言葉で使うですが文章にはあまり見ない文型です。
ご参考になさってください。
You can't really see it on the surface, but there's still quite a bit of sexual discrimination in Japan.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーYou can't really see it on the surface, but there's still quite a bit of sexual discrimination in Japan.
「表面的には見えないけれど、日本ではまだ結構男女差別があります」
on the surface「表面的には」
sexual discrimination「男女差別」
ご参考まで！
シンガポール 
カナダ 
