"body building"は「肉体改造」を意味します。これは筋トレによる肉体改造に限って言います。"body building"はムキムキになりたい意味合いが強いです。普通に良い体格・細マッチョになるための筋トレなら"weight lifting"・"weight training"と言います。
"body modification"も「肉体改造」を意味します。筋トレ以外の肉体改造が思い浮かびます。例えば、ピアスや入れ墨や整形などなら"body modification"と呼びます。筋トレは"body modification"と言うことはまれだと思います。
例文一：
This year I want to do weight lifting to improve my physique.
今年は筋トレをして肉体改造をしていきたい。
例文二：
This year I want to do body building to improve my physique.
今年は筋トレをして肉体改造をしていきたい。
アメリカ合衆国 
