"body building"は「肉体改造」を意味します。これは筋トレによる肉体改造に限って言います。"body building"はムキムキになりたい意味合いが強いです。普通に良い体格・細マッチョになるための筋トレなら"weight lifting"・"weight training"と言います。
"body modification"も「肉体改造」を意味します。筋トレ以外の肉体改造が思い浮かびます。例えば、ピアスや入れ墨や整形などなら"body modification"と呼びます。筋トレは"body modification"と言うことはまれだと思います。
例文一：
This year I want to do weight lifting to improve my physique.
今年は筋トレをして肉体改造をしていきたい。
例文二：
This year I want to do body building to improve my physique.
今年は筋トレをして肉体改造をしていきたい。
■ body transformation
「体を大きく変えること（肉体改造）」
→ 筋トレやダイエットなどを通じて体をしっかり変えるニュアンスです。少ししっかりした言い方で、SNSやフィットネスの文脈でもよく使われます。
■ get in shape
「体を整える／引き締める」
→ よりカジュアルで日常会話向きです。「肉体改造したい」という気持ちを自然に表せます。
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