I don't know why they don't have any handkerchiefs
I don't know why there aren't any handkerchiefs
Why と don't の間にハンカチがない人や場所の主体語が
必要です。
ハンカチがない場所を指してるなら they を使って良いと思います。
団体の場合も同じです。
但し彼など一人の事を指すなら I don't know why he doesn't have any
handkerchiefs と言います。
※複数形でない場合 don't は doesn't です。
There are も使えますが there aren't と言うネガティブな表現になります。
I don't know why I have so few handkerchiefs left in my drawer.
I don't know what happened to all the handkerchiefs in my drawer.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI don't know why I have so few handkerchiefs left in my drawer.
「なんで引き出しにハンカチが少ししか残っていないのかわからない」=「なんで引き出しにこんなにハンカチがないのかわからない」
ーI don't know what happened to all the handkerchiefs in my drawer.
「引き出しのハンカチに何が起こったのかわからない」=「引き出しのハンカチどこ行ったの?」
ご参考まで!