I was worried that you wouldn't want to return to Japan after going back home for a while.
I was worried that, if you went home, returning to Japan would be too unpleasant.
一旦帰国する → going home for a while
日本に戻ること → returning to Japan
心配してた：
この文型をそのまま直訳すると、
「was worrying」または「had been worrying」という風に訳しますが、
この場合にはより簡単な「was worried」の方が自然に聞こえます。
英語で言う時に日本語と逆に動詞を先に述べるパターンが多いですね。
そのため、先に「I was worried that~」を言い、「that~」というのは心配の内容を述べるところです。
「もう嫌になる」というのは、英語で様々な言い方がありますので、直訳しにくいです。
この状況の場合だと、一番自然だと思うのは上記の第１提案であり、
「wouldn't want to return」（日本に戻りたくない）というところです。
ちなみに、「wouldn't」とは「would not」の省略です。
「もう嫌になる」をより直訳したかったら、
第２の提案の「would be too unpleasant」というのはその例です。
「would be too unpleasant」にしても問題ございませんが、
フィリピン人の友達が日本の生活があまり好きじゃないという知識を持っていれば、
こういう発言がもっとありえます。
参考になれば幸いです。
I was worried that once you went back home, you wouldn’t want to return to Japan.
「一旦帰国したらもう日本に戻るの嫌になるだろうし心配してた」は英語で「I was worried that once you went back home, you wouldn’t want to return to Japan」と表現します。
例えば、 I was worried that once you went back home, you wouldn’t want to return to Japan. I’m so glad you came back. 訳:「一旦帰国したらもう日本に戻るのがイヤになるんじゃないかと思って心配してたよ。また戻ってきてくれて嬉しいよ。」
もう少し詳しく言うと、 I was concerned that after you went back to the Philippines, you might not want to come back to Japan. I'm relieved that you’re back. 訳:「フィリピンに帰ったら日本に戻るのがイヤになるんじゃないかと心配してたよ。戻ってきてくれて安心したよ。」
アメリカ合衆国 
