It's not mixed through properly yet, so there will be some areas where the flavour is rich, and some areas where it's weak.
まだ not yet
ちゃんと properly
混ざってない not mixed through
から so
味が濃い所 areas where the flavour is rich
と and
薄い所があるよ areas where the flavour is weak
「まだ、ちゃんとチャーハンの味の調味料と具材やご飯がしっかり混ざってない」というのは The seasoning, ingredients and rice of this fried rice are not mixed through properly yet と表現することができます。
例文 The ingredients of this cake are not mixed through properly yet, so we can't put it in the oven.
「このケーキの材料はまだちゃんと混ざっていないから、オーブンに入れない。」
参考になれば幸いです。