「同等の立場で」というの日常会話的な言い方は on an equal footing になります。
「2社間が同等の立場ではないと知らなかった」は I didn't know that the 2 companies weren't on an equal footing と表現することができると思います。
「２社間」という部分はどういうふうに訳すか分かりませんが、2 companies (会社二つ）が間違ったら、文のそのところに、ほかの単語を入れることができます。
例文 I didn't know that the 2 teams weren't on an equal footing.
「二つのチームが同等の立場ではないと知らなかった。」
参考になれば幸いです。
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