回答
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annual salary system
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annual salary scheme
年俸制。実際の労働時間が給与に影響しないといういい方向にも悪い方向にも転じえ制度ですね。
そのまま訳すと
"annual salary system"
"annual salary scheme"
のどちらかですね。後はannual wage planまたはシンプルにannual salaryなんて言い方もあります。テクニカルな表現でニュアンスの違いはないので好みで選んでしまいましょう。
回答
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We have an annual-based salary system where you will receive 1/12 of it every month.
当社では年間ベースの給与システムを適用しており、毎月その12分の1を受取ることになります。
annual-based salary: 1年を基準とした給与
1/12: 12分の1