「この資料、私に送った後に変えた?」は英語で「Did you change this document after I sent it?」と言います。「Did you change」の方が自然だと思います。この場合、資料がもう変わったので確認しているところですが、「Have you changed」なら資料がまだ変わっていないのか確認している質問です。
トムさんが書いた提案がなくて、この資料、私に送った後に変えた?
The suggestions that Tom wrote are not here; did you change this document after I sent it?