コロナウイルスの流行がいつまで続くか分からないけど、あなたが日本に来る10月頃には収束してる事を祈るよと伝えたいです。
I'm not sure how long that will the coronavirus outbreak, but I hope you're going to be able to come to Japan in October.
こんな感じでも大丈夫でしょうか？
I'm praying that we can get together when you come to Japan.
書いた文をすこし変えたら、日常会話的な言い方ができます。
I'm not sure how long the Coronavirus outbreak will last, but I hope you're going to be able to come to Japan in October にすれば自然な言い方ができますね。
メインの質問の「祈る」（pray) という部分は、直訳で大丈夫だと思います。
例文 I'm praying that the Coronavirus will stop being an issue soon.
「コロナウイルスがもうすぐ問題としてなくなることを祈っている。」
参考になれば幸いです。
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