My apologies regarding the late afternoon timing of this meeting.
I'm sorry that the meeting is so late in the afternoon your time.
海外の取引先に伝えるとのことですから、下のように言うと良いでしょう。
ーMy apologies regarding the late afternoon timing of this meeting.
「会議の時間が遅くなって申し訳ないです。」
ーI'm sorry that the meeting is so late in the afternoon your time.
「会議がそちらのお時間の夕方遅くになって申し訳ありません。」
Thank you for being available at this time.
「この時間に都合をつけていただきありがとうございます。」
be available で「都合をつける」
ご参考まで！
ご質問ありがとうございます。
「遅い時間になってごめんなさい」を直訳するとI apologize for being lateですが、会議の時間の関係で回答の英文の方がいいと思います。
holding this meetingは「会議を行う」という意味です。
例文：Thank you so much for attending today. I apologize for holding this meeting so late where you are.
上記のwhere you areでは「時差のせい」が伝わります。
ご参考になれば幸いです。
カナダ 
アメリカ合衆国 
