He was born with a face that differs from other people.
He was born with a face that's different from others.
ご質問ありがとうございます。
「Wonder」を読んだこたはないですが、面白そうな物語ですね!
「彼は」=「He」
「人とは異なる顔で」=「with a face that differs from (other) people)」や「with a face that's different from others」
「生まれてきた」=「was born」
この表現は比較的なので、主人公と人を比較します。主人公は人間だと思いますので、「other」=「他の」を使います。もちろん、主人公は人間ではない場合では、「other people」や「others」の代わりに「humans」を使いましょう。
ご参考になれば幸いです。