I think rebellious and determined/strong-willed children are much better.
「親に反抗できる主体性があるだけ、まだましだと思う。」は、
"I think rebellious and determined/strong-willed children are much better."
「(反抗できない主体性がない子どもたちより)反抗できる主体性がある子どもたちの方がいい。」という意味です。
"rebellious"は、「(親などに対して)反抗的な」です。
「主体性がある」は、「自分の確固とした意志を持っている」という意味で、
"determined"「断固とした」/"strong-willed"「意志が強い」
を使うことができます。
ご参考になれば幸いです。