最初の言い方は、To ship A and B together は、A（女）とB（男）をくっつける（＝異性としていい感じの雰囲気にしたい）と言う意味として使われていました。
最初の言い方では、ship は、若者がよくこういう場合に使ってる言葉です。いい雰囲気の二人をくっつけるあるいはお似合いだという意味として使われています。
二つ目の言い方は、To join A and B together as lovers は、恋人同士としてくっつけると言う意味として使われていました。
二つ目の言い方では、join は、くっつけると言う意味として使われています。
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