This email is to acknowledge receipt of payment. Thank you very much.
Thank you very much for paying me my salary this month.
もしメールでお礼を言うなら、次のように言えます。
ーThis email is to acknowledge receipt of payment. Thank you very much.
「このEメールは支払いの受領を知らせるものです。ありがとうございました。」
to acknowledge receipt of payment. は要するに「支払いを確かに受け取りました」ということです。
ーThank you very much for paying me my salary this month.
「今月の給与を支払ってくださりありがとうございました。」
このように簡単に言うこともできます。
salary で「給料」
ボーナスにも同じ表現を使って言えますよ。
ご参考まで！
カナダ 
