I understand your point, but I respectfully disagree
I get what you're saying, but I don't fully agree
上司の言うことなどにやんわりと反論したいときにI understand your point, but I respectfully disagree (言っていることは理解できますが、謹んで賛成していません)を使えます。I get what you're sayingはI understand your pointより会話で使うような表現ですね。
I don't fully agree(完全に賛成していません)はrespectfully agreeよりも関節的ですね。上司にはよるんですけど、怒られるなんて可能性がほぼないと思います。
直訳的に、I don't mean to contradict youになりますが、英語であまり言わないですね。最初に優しいこと「I think that's a good idea, but...やI understand what you're saying, but 」で、最後に言いたいことを言うパターンですね。「I disagreeやI think~ is better」
ご参考になれば幸いです。