It's amazing when you think about how nature works.
この場合の「不思議」は次のように言うと良いと思います。
ーNature is quite fascinating, don't you think?
「自然はとても不思議だよね」
fascinating で「興味深い・魅力的な」
ーIt's amazing when you think about how nature works.
「自然がどのように影響を与えるかを考えると驚きだ」
amazing で「驚くほどの・素晴らしい」
to work で「影響を与える・変化を引き起こす」
ご参考まで!