ご質問ありがとうございます。
表現方法はいくつかありますので、その１例をご紹介しますね！
まず、「お店が」というのは They ということもできますし、レストランであれば The restaurant「そのレストラン」、または The shop「何かを売っているお店」ということできます。
They got a gift for my dad.
「お店が、父のためにプレセントを用意してくれた」
または、「ご好意で」という敬意を表したい場合は
The gift is by courtesy of them.
「そのプレゼントは、彼ら（お店）のご好意によるものです」
ご参考になれば幸いです。
ご質問ありがとうございます。
・The store prepared it.
＝「お店が準備しました。」
（例文）The store prepared it. I'm grateful for their kind actions.
（訳）お店が準備しました。彼らの親切な行動に感謝しています。
・The store prepared my father's birthday present.
＝「お店が父の誕生日プレゼントを準備しました。」
・prepareは準備する事です。
（例文）It took us two months to prepare for the event.
（訳）イベントの準備をするのに二ヶ月かかりました。
お役に立てれば嬉しいです。
Coco
日本 
