Please don't put your passports back in your bags, just hold on to them.
You should keep your passports in your hands instead of putting them away.
ーPlease don't put your passports back in your bags, just hold on to them.
「カバンにパスポートをしまわないで（手で）持っておいてください」
to put your passports back in your bags で「(みなさんの）パスポートをカバンにしまう」
to hold on to ... で「…を手放さないでおく・持っておく」
ーYou should keep your passports in your hands instead of putting them away.
「パスポートをしまわないで手に持っておいてください」
to keep your passports in your hands で「（みなさんの）パスポートを手に持っておく」
to put ... away で「…をしまう」
ご参考まで！
"Please keep it in your hand." が、その状況にぴったりの、明確で丁寧な表現です。
**「keep」**は「〜の状態を保つ」という意味です。
Please don't put your passport in your bag. You'll need to keep it in your hand.
『パスポートをカバンにしまわないでください。手に持っておく必要があります。』
カナダ 
アメリカ合衆国 
