どちらの文も正しいですが、最初の文は Are there any differences between A and B. のように any をつけるともっと自然な感じになりますよ。
この２つの文には微妙な違いがあって、最初の文の話し手は、AとBに多分違いがあるかもしれない、そして違いがある場合は複数ある可能性が高いと思っています。
それに対し２番目の文は、違いがあるかどうかわからない。ないと思っている可能性もあるし、あっても多くないと思っています。
ご参考まで！
こんにちは。
様々な言い方ができると思いますが、例えば以下のような英語表現はいかがでしょうか：
Are there any differences between A and B?
Is there a difference between A and B?
ご提案いただいた最初の英文に any を加えるとさらに良いと思いました。
最初の例文は複数の違いがありそうな場合、2つ目の例文は違いがあるかわからないようなイメージです。
ぜひ参考にしてください。
カナダ 
アメリカ合衆国 
