気がついた時には（その食べ物が）苦手になってたって英語でなんて言うの？

この場合、次のような言い方ができますよ。

ーI used to like it a long time ago, but then I realized I didn't really like it one day. I'm not sure why.
「昔は好きだったけど、ある日なぜかわからないが、そんなに好きでないということに気がついた」
used to like it で以前は好きだったことが言えます。

ーI always used to like it until one day I realized I wasn't a big fan of it after all.
「ある日、やっぱりそれがあんまり好きでないと気がつくまで、ずっと好きだった」
a big fan of ... で「…の大ファン・…が大好き」

ご参考まで！

ご質問ありがとうございます。

食べ物の好き嫌いについて、「気がついた時には（その食べ物が）苦手になってた」と言いたいなら、英語で「when I realized how bad tasting ○○ was, I started disliking it」と言います。

念のため、例文を作りましょう。
例えば、納豆について、説明したい場合、
When I realized how bad tasting natto was, I started disliking it.

ご参考になれば幸いです。