You should assume that the work will take longer than you think
作業をする際のスピードは自分が思うよりも遅めに考えて見積もる、を直訳的に
to assume that the pace of the work will be slower than you think and make an estimateでも通じると思いますが、
こういう話でよく聞いたことある表現は作業のペースの遅さじゃなく、作業のかかる時間ですね。例えば、ペースが自分が思うより遅いというより作業が自分が思うより時間かかるという風に表現します。
You should assume that the work will take longer than you think
仕事のペースは遅めに見積もっておいた方がいいよ
You should assume that the work will take longer than you think when you estimate the project duration so that your schedule is not unrealistic.
無理なスケジュールを立ててしまわない様に、作業をする際のスピードは自分が思うよりも遅めに考えて(プロジェクト期間)見積もった方が良いと思う、と友達に言いたいです。
ご参考になれば幸いです!