Could you please cover the difference between the amount I paid and the amount on the invoice?
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
The insurance does not cover some of the amounts I paid due to the total you stated in the invoice. Could you please cover the difference between the amount I paid and the amount on the invoice?
として、『請求書に記載された金額が原因で私が支払った金額が全額補償されません。私の支払った金額と請求書にある金額の差額をお支払いいただけませんか？』とするのはいかがでしょうか。
役に立ちそうな単語とフレーズ
total 総額
cover the difference between ～間の差を補填する
参考になれば幸いです。
日本 
