It was actually your mom who always cleaned up your room for you.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーIt was actually your mom who always cleaned up your room for you.
「実はあなたのお母さんがいつもあなたの部屋を片付けてくれてたんだよ」
actually で「実は」
to clean up で「片付ける」
ご参考まで！
It was actually your mom who has been cleaning up for you.
ご質問ありがとうございます。
「実は」＝「actually」
「お母さん」＝「(your) mom」
「が今まで」＝「(has been) until now」
「片づけてくれていたんだよ」＝「cleaning up (for you)」
「片づけてくれていた」というニュアンスをするために、「has been cleaning up」を使うのはが的確です。
おっしゃったように、その「誰かが陰でやってくれていたから部屋がきれいに保てていたんだよ」というニュアンスもしますから、ちょうど良い言い方だと思います。
もっと詳しく言ったら、「Your room has been clean thanks to your mom.」も言うことができます。
ご参考になれば幸いです。
カナダ 
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