事務員に要求された内容を満たしてない書類が事務方に受付されるかどうかよりも、もはや今はそれが問題ではなく、その要求している内容が本当に必要なものなのかを仕入れ先が問うようになってきたのでその必要性を説明しなければならないことが問題です。
"The problem is not so much A but B."
"the problem" 「問題は」"problem" の代わりに "issue" や "trouble" も言えます。
"is not so much A" 「もはやAではなく」
"but B" 「Bです」
"It isn't so much that A is the problem, but B."
"It isn't so much that A is the problem" 「もはや問題はAではなく」
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ご質問ありがとうございます。
この場面で「もはや問題はAではなくBです」と言いたいなら、英語で「At this point, the problem is not so much A, but B.」と言います。
また、別の言い方で「At this point, B is the only thing you should focus, not A.」でも言います。
ご参考になれば幸いです。