It's like putting too many things in one place and squishing them together. It could easily damage the seedlings during transport.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
When I went shopping for vegetable seedlings, they arranged them nicely in a cardboard box. But then, they piled the extras on top of the neatly arranged ones. It's like putting too many things in one place and squishing them together. It could easily damage the seedlings during transport.
とすると、『野菜の[苗](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/83460/)を買いに行ったら、段ボールにきちんと敷き詰めてくれたのですが、敷き詰めて余った分を、敷き詰めた苗の上に寝かせてのせられていました。それって一つのところにたくさん入れ過ぎて押しつぶしてしまっているようなもの。そんなことをしたら運んでくる間に苗を傷つけてしまいます。』と言えます。
参考になれば幸いです。
・If you stack them like that, the stems will snap.
「重ねる」は stack や layer を使って表現できます。また「ちぎれる」は、植物の茎のようにポキッと折れる場合は snap、ちぎれ落ちる場合は break off を使うのが自然です。
・If you stack them like that, the stems will snap.
「そんなふうに重ねたら、（重みで）茎が折れちゃうよ。」
・Don't layer them, or the stems will break off.
「それらを層にして置かないで。さもないと茎がちぎれてしまいます。」
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