別々のお会計になりますって英語でなんて言うの？

この場合、次のような言い方ができますよ。

ーI have to ring these through one at a time.
「一つずつお会計をしなければいけません」＝「別々のお会計になります」

ーI have to ring these through separately.
「別々にお会計をしなければいけません」

to ring through でレジを打って（商品を）通すことを意味します。

ご参考まで！

こんにちは！
ご質問ありがとうございます。

ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、

We need to process one at a time.
とすると、「一回に一つしかできません。」となり、「二つを同時にお会計できない」ということを伝えられます。

役に立ちそうな単語とフレーズ
process ～を処理する
at a time 一度に、同時に、1回に

参考になれば幸いです。