この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI have to ring these through one at a time.
「一つずつお会計をしなければいけません」＝「別々のお会計になります」
ーI have to ring these through separately.
「別々にお会計をしなければいけません」
to ring through でレジを打って（商品を）通すことを意味します。
ご参考まで！
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
We need to process one at a time.
とすると、「一回に一つしかできません。」となり、「二つを同時に[お会計](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/36635/)できない」ということを伝えられます。
役に立ちそうな単語とフレーズ
process ～を処理する
at a time 一度に、同時に、1回に
参考になれば幸いです。
カナダ 
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