「〇〇と□□の違いは何？」って英語でなんて言うの？

・What's the difference between ○○ and □□?　「○○と□□の違いって何？」
だけで十分に通じると思いますが、
「意味の違い」というのを強調したい場合は、
・What's the difference between in (the) meaning between ○○ and □□?　
という感じでin (the) meaningを間に挟みます。　※"the"はあってもなくてもOK

そのほか
・How are ○○ and □□ different in meaning?「○○と□□は意味の上でどのように違うのですか？」
と"How"を使って質問することもできますよ♪

＜ボキャブラリー＞
difference = 違い、差
between = の間
meaning = 意味

〇〇と□□の使い方の違いを教えてください。

使い方の違い、というと、相手も教えやすいと思います。
このように「AとBの・・・における違い」という場合は、the difference in ... between A and B
と言います。

What is the difference in use between ; and :.
コロンとセミコロンの使い方の違いは何ですか？

ご質問通りの英語表現はWhat's the difference between～を良く使います。

違う表現で
How 〇〇 and □□ are different?=〇〇と□□はどう違うの ?