みんなの業務で困っていることは何ですか。って英語でなんて言うの？

problemやconcernといった単語を使用すると、問題や悩みについて聞くことができます。 両方同時に使ってもよいですね。 Do you have any problems and concerns about your work?

色々な聞き方ができるかと思いますが、まず一つ目。 "What is the biggest concern in your work?" 「あなたの仕事で一番の問題は何ですか。」 "concern"は「懸案」になりますが、気になってること、という感じで問題とも言えるとおもいます。もちろんこれを”problem"に変えてもいいですね。 二つ目はその"problem"を使って、 "Can you tell me what your problems are?" 「あなたの問題はどんなものか教えてください。」 三つ目は "What do you think are the areas of improvement?" で少し言い方が違うのですが、 「改善できる部分はどこだと思いますか。」 という聞き方で、問題を直接聞いているわけではないですが、改善できると思うということは問題がある、ということだと思うので、こういう言い方もできるかなと思いました。

「あなたの業務で何か問題はありますか？」 "problem with 〜" は「〜に関連する問題」という表現です。 「業務」は "operation" や "work" と表すことができます。