なんで袋の中にそれがあったの?
どうしてこの中にそれがあったの?
誰がそれをそこにいれたの?
WhyとHow comeは微妙にですが違います。
Why=なぜ?(理由)と単純に理由や原因を尋ねるのに対して、How come=どうしてこうなった? 何がどうなって・・・になったのか? のようにそれまで経緯に疑問を投げるからです。
そのため、以下のような経緯云々より理由を求める疑問文の場合How comeを使った言い換えは不自然になります。
例文:Why do we work?
なぜ我々は働くのか?
→働く理由について尋ねているのは一目瞭然です。
How come we work?
どういう経緯で我々は働くことになったのか?
→働く理由を尋ねる上で不自然。